2007年9月4日

以ImageJ作手工細胞計數

前面有提到可以用ImageJ做細胞計數,但如果影像的品質讓電腦每次都無法抓出正確的數目,那麼還有個選擇就是純手工作業。

首先到這裡下載cell_counter.jar
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html

然後把cell_counter.jar 放到ImageJ資料夾的Plugins/Analyze子資料夾。然後開啟ImageJ。

以這血液抹片的圖片來說吧,紅血球很多,只有一些白血球,血小板則散佈其中。


Plugins-->Analyze-->Cell Counter
會出現以下視窗
左邊的Counters是設定計算的類型,以這血液抹片來看,我只要算紅血球、白血球和血小板,所以我只要3個Type,其他的Tupe 4~8可以用Remove去刪掉,途中如果又需要其他的Type可以隨時按Add增加,然後就可以按下Initialize開始工作





接著只要先選擇Type,然後在圖片上的細胞上點一下,細胞上就會有個記號,如果不想要在細胞上有Type的數字,那就把Show Numbers取消勾選。
現在已經點了16個紅血球、2個白血球和4個血小板。



繼續努力,全部點完,一共有87個紅血球。

點錯就按下Delete,會把最後一個點的刪掉。如果是勾選Delete Mode,畫面中點一下就會把最靠近點選區的點刪掉。

如果要把結果存成文字檔,可以按下Result看結果然後存檔。

如果一次點不完,可以用Save Markers存檔,下次用Load Markers就可以繼續作業了。