2010年11月28日

Foldit-蛋白質褶疊遊戲

Foldit這款遊戲非常單純,玩家做的是就是褶疊蛋白質,而這個遊戲還可以協助科學研究



基本原則就是讓蛋白質的三級結構褶疊的愈小愈好,而且要把疏水端(hydrophobics)藏起來,分子間還不能有碰撞。

那它和科學研究有什麼關係,維基百科裡這麼寫著的

Foldit是一個實驗性的蛋白質摺疊電子遊戲,由華盛頓大學電腦科學和專案學系和生物化學學系(同一批人中,很多人也參與建立Rosetta@home)聯合共同開發。第一個beta公開測試版在2008年5月釋出。

Foldit提供一系列教程,讓使用者試著操縱簡單的類蛋白質構造,並定期更新以真實蛋白質結構為基礎的謎題。該程式讓使用者在工具輔助解謎,就能夠得出實際的蛋白質模型。每當結構被變動,一個"分數"會根據摺疊的完善程度給出。Foldit使用者可以創立加入小組,分享各自的方案。也有小組高分榜。

生物製造主要蛋白質結構的方式(蛋白質生物合成)在理性上已經為人類所瞭解,此即蛋白質DNA測序的方法。決定蛋白質主要結構轉化為功能性三圍結構(蛋白質分子如何「折疊」)是更為困難的;雖然大致的程式已經為人所知,但蛋白質結構預測還是需要大量的運算。

Foldit嘗試利用人腦天生的三維pattern matching能力。目前該程式出的謎題都是基於已被人們清楚瞭解的蛋白質;透過分析人類在解這些謎題時的直覺思考途徑,研究者希望能改進現有蛋白質折疊軟體所用的演算法

Foldit是結合眾包分散式計算所得的成果。


之前用到分散式計算的還有那個在家幫忙找外星人的Seti@Home還有Folding@Home
--
Seti@Home

--

Folding@Home

--



除了Foldit以外,目前還有另外一款由 Carnegie Mellon UniversityStanford University合作開發的遊戲EteRNA
http://eterna.cmu.edu/content/EteRNA
應該也有類似的性質,不過目前還沒有全面開放,還是處於封閉測試的狀態。
這個號稱Played by Humans, Scored by Nature的遊戲真是令人期待啊!

Immune Attack-可以莫名其妙學到免疫知識的電玩遊戲

這個遊戲的來頭不小,是美國的國家科學基金會(National Science Foundation)和美國科學家聯盟(Federation of American Scientists)還有南加大(University of Southern California)和布朗大學(Brown University)還有Escape Hatch Entertainment 一起合作完成的。遊戲不只好玩,還偷偷把免疫知識傳遞給玩家。

官網http://www.fas.org/immuneattack/
下載位置 http://dvfwe9diopsib.cloudfront.net/ImmuneAttackSetup.exe
如果以後想要知道後續更新的消息,可以到這裡填了資料再下載




這款遊戲的劇情上是玩家幫助免疫系統攻擊外來的細菌,不過不是主動攻擊,而是協助,進行的方式像是3D的射擊遊戲。

一開始是訓練,要教玩家怎麼加速減速、移動位置等

Mission 1.教單核球鑽過血管的內皮細胞層到結締組織間 (Teaching Monocytes to Transmigrate)

  1. 經過簡單的訓練之後,玩家要駕著Nanobot去找data packet,跟著畫面左下角的地圖走,找到那個packet之後,撞上去就ok了。然後就是駕著Nanobot移動到感染的位置(地圖上的藍點)。
  2. 單核球在血管中會鑽出血管壁到發炎的組織,但是這個過程需要血管壁上的特殊蛋白質才能辦得到。玩家必須在單核球從遠方流過來時,用Nanobot的雷射槍標記一個Selectin蛋白質(黃色),當單核球表面的受體碰到這些蛋白質的時候,單核球就會慢下來,然後玩家要繼續標示5個(總共6個)selectin,讓單核球繼續慢下來。當它慢下來的時候,接著要標記ICAM蛋白質(棕色),這樣才可以讓單核球完全停下來,然後它就會變成鑽出去(transmigrate)變成巨噬細胞(Macrophage)了。完成這個任務之後,你就成功的送走一個單核球了,但是這樣還不夠,你一共要送走兩個單核球,這樣身體才學得會讓單核球鑽出去。我在做這個任務的時候,都太早標示selectin了,其實要等到單核球出現之後再標示。

Mission 2.教巨噬細胞跟著C3a去找到細菌(Teaching Macrophages how to find Bacteria, Following the C3a)

  1. 駕著Nanobot一起鑽過發炎位置的血管壁(直接往細胞間隙撞上去),然後你就會到了結締組織(connective tissue)。這裡有好多綠膿桿菌(Pseudomonas),當然巨噬細胞也在這,你要做的第一件事,就是掃描巨噬細胞,作法就是靠近它然後在它上面按左鍵。
  2. 找到data packet,那個可以用來告訴我巨噬細胞如何追蹤到細菌,data packet在地圖上的藍點。data packet裡有影片會告訴我們細菌會和身體的補體蛋白作用,產生很多C3a的蛋白質,愈靠近細菌,就會愈多C3a。
  3. 玩家要做的事情,就是幫巨噬細胞去標示C3a,好讓巨噬細胞能順利找到細菌。畫面中會有藍色箭頭和綠色箭頭,藍色箭頭是指向巨噬細胞,綠色箭頭指向細菌。玩家要靠近巨噬細胞,去標示漂來的C3a,然後再離巨噬細胞遠一點,靠細菌近一點,繼續標示C3a,重複這樣的過程,就可以讓巨噬細胞越來越靠近細菌了。
  4. 接著就是要教巨噬細胞辨識敵人了,細菌的細胞壁上有脂多醣 LPS protein,所以玩家要到巨噬細胞上去標示10個LPS受體。
  5. 下一步要幫巨噬細胞標示所有Pseudomonas(綠膿桿菌),只要標示好,巨噬細胞就會爬過去呼嚕嚕的吃掉細菌。在這裡找細菌的動作要快一點,因為漏網的細菌會繼續分裂。
  6. 只有巨噬細胞是不夠的,所以要再呼叫其他救兵-嗜中性球,玩家下個任務就是要到巨噬細胞的表面去標示7個CXCL8分子,這樣他就會釋放出CXCL8的化學訊號來呼叫嗜中性球。
  7. 進入到血管中,幫忙嗜中性球鑽出血管管壁,因為之前已經幫單核球做過一樣的事情,所以這裡只要回答幾個問題就可以了。
  8. 最後結締組織裡出現了金黃色葡萄球菌(Staphylococcus),玩家再度進入結締組織中,幫助嗜中性球標記金黃色葡萄球菌,等到全部細菌都被吃光了,任務就結束了。不過玩家還是可以在這裡到處逛,認識一下結締組織,最上面有真皮,最底下還有脂肪細胞、肌肉等。我後來逛回微血管,再繞道動脈靜脈之後,再度回來結締組織,卻意外發現金黃色葡萄球菌又再度出現,可是這回我卻沒辦法呼叫救兵,看來似乎會有續集出現。
後來上網查了之後,發現一篇新聞稿,裡頭有 Immune Attack 3.0。根據官網的QA,現在玩的應該是1.0 ,不知2.0何時出現?

遊戲也可以直接觀賞場景間的動畫或是直接跳到各遊戲段落,方法是在 main menuinstructor menu 然後打入密碼 abc ,然後就可以做各種設定了,包括變成無敵模式、看各種場景和玩各個段落。

用上面這個方式,就能夠用這個遊戲來講血液循環和結締組織,因為可以在血管中移動(動脈、靜脈、微血管),然後還可以看見紅血球翻滾而過,還能掃描經過的各個細胞(B細胞、紅血球..)。在結締組織裡玩,可以看到血管、淋巴管、肌肉、脂肪細胞、mast cell。

遊戲中的一段畫面用的是The Inner Life of the Cell 這段影片的前30秒和4分32秒之後的畫面 ,其實這也就是這個遊戲的Mission 1 玩家要協助做的事情啊




另外官網也有教怎麼玩、和更改視窗的大小(QA第8點)

WolfQuest體驗黃石公園裡狼的生活

WolfQuestMinnesota Zooeduweb 合作開發的一款3D模擬遊戲。

免費下載、3D、畫面又棒、音樂又好聽,玩一玩還可以學到許多知識,像是動物行為、生態...,全部玩一次大約一兩個小時,很值得的!更讚的是,這個還可以多人同玩,以下慢慢介紹。

Amethyst Mountain
,這個地點是1996年,黃石公園重新引進狼群的地點,也是這個遊戲的 episode 1的地圖。

遊戲裡頭的地圖



實際的衛星圖


開始時,玩家是一隻兩歲大的灰狼。雖然說是灰狼,不過在遊戲開始時,玩家可以自行設定毛色、力量、耐力等數值,所以可以把牠變成一隻力量很大,可是耐力不足的黑色公灰狼,名字還叫作noname(對!我就是說我,忘記設名字,結果就變成noname)。

身為黃石公園裡的一匹狼,你要做的事情就是在Amethyst Mountain這個超大地圖裡找伴,在找伴的過程中,肚子會餓,所以要想辦法去覓食,還好黃石公園裡有許多野生動物,有兔子、郊狼(coyote)、大角鹿(elk)還有大灰熊,除了大灰熊以外,其它你都可以去獵捕,如果獵不到,偶而在路上也有屍體可以撿來吃。有時候大灰熊或郊狼也會在屍體旁邊當個清除者,不過你靠近牠們之後,他們都會閃得遠遠的。

我剛開始玩的時候,發現連兔子都跑得比我快,超沮喪,後來才發現忘記按下Q鍵,原來Q鍵是切換步行和奔跑的模式。不過雖然可以跑,但卻跑不贏大灰熊,我曾經嘗試著要獵捕大灰熊,可是牠跑好快,而我的耐力又不足,結果根本追不到 。




身為一匹沒耐力的黑噗噗灰狼,嗅覺也是很重要的,只要按下V鍵,就可以切換成嗅覺模式的畫面,所有動物走過的痕跡通通顯現眼前,甚至可以知道是誰走過、幾分鐘前留的痕跡。這在找伴或是找elk都是相當重要的。

當阿狼循著氣味,找到elk的時候,通常會看到一隻bull elk(公鹿)帶著數隻 cow elk(母鹿),此時千萬不要傻傻地跑過去,牠們瞬間加速的速度,是黑噗噗灰狼比不上的,所以這時候要按下shift鍵,讓阿狼頭低低的悄悄的走到elk身邊,然後用力咬下去(空白鍵)。咬了之後,elk不會立刻死亡,牠會開始逃跑,所以這時候就比誰的速度快、耐力強還有血夠多。因為你咬elk,牠也會回你一腳,如果遇到血太多的elk,可能最後掛掉的是阿狼,所以在咬之前,要先評估一下誰好咬。只有一匹阿狼單打獨鬥,千萬不要挑戰 bull elk(大公鹿),只能挑戰那些健康度不足的母鹿(cow elk)啊。你看看,從這點就可以看出遊戲設計者的用心,讓玩家莫名其妙地就學到這種知識了。

下圖就是一隻傻阿狼去挑戰大公鹿的下場-掛掉


除了不斷地覓食以外,欣賞風景也是很重要的!這款遊戲的場景十分擬真,只要電腦等級夠好,你還可以設定有光影的晃動,水波的流動,然後再配合上改變攝影機的視角(O鍵),改變拍攝的角度 ( [鍵和]鍵 ) ,畫面會美到讓你覺得像是在看國家地理頻道。



爬到制高點上,還可以配上一聲狼嚎(H鍵),超精彩的!狼嚎在episode 1沒什麼用,但是到了結婚生子的episode 2 就有用了,可以宣示領域,讓狼群更加愛家!


在找伴的過程中,地圖上每個狼群的領域地都得去拜訪一次,你得找到一匹跟你一樣是兩歲大的離群母狼囉(如果你選擇扮演母狼,那就得找到公狼)。

身為生態系中的高級消費者,數量當然不會像野兔那樣隨處可見,所以要想找到另外一個伴可不是那麼容易的。找伴的過程,非常需要嗅覺(V鍵)的協助,進入到其他狼的領域地之後,要開始找人家的尿跡,然後判斷是多久前留下來的,等到你找到一大片尿跡的時候,通常就會看到一匹陌生狼在眼前了。



看到陌生狼,你可以有很多行為模式可以選擇,像是躺下來或是互咬,每一種動作都有不同意義在。



我費盡千辛萬苦跑遍所有領域地,通通遇到公狼,實在太沒搞頭了,跑到山上看風景乘涼之後,繼續再跑一次,終於給我遇到一匹母狼了,可是才打聲招呼她就落跑了。


只好再換一個領域地,這回總算找到心儀的伴了



你瞧牠們恩愛的樣子(我還以為會互聞屁股哩)


當找到伴之後,episode 1就算結束了,不過玩家還是可以繼續玩,你可以帶著你的阿娜答去挑戰大公鹿,雖然最後還是可能會雙雙殉情。或者退而求其次,可以挑戰母鹿,兩隻一起獵捕很省事呢!(遊戲中另外有2-5人的多人遊戲模式,我想那才有辦法挑戰公鹿吧)


episode 2的任務就是要找一個合適安全的巢穴,生下四隻小狼,保護牠們、餵養牠們還要教牠們乖乖待在巢邊,等爸媽帶食物回來。過程中還要不斷地尿尿標示領域,抵擋不速之客,像是郊狼、灰熊等,等到夠大的時候,再帶著他們移到更大的領域地,這樣整個episode 2才算完結。

上面這些任務最輕鬆的就是找巢穴了。



遊戲地圖設定的地點是Slough Creek


幾乎和實際地點一樣呢!


就像是孟母三遷一樣,好的巢穴不容易找,一個好巢要遠離其他狼的領域地,又要靠近獵食場,所以可能要把所有巢穴都探過一次,評估安全性之後,才可以住下。一旦選擇住下之後,就會開始交配生子,以上階段在遊戲中直接過場交代完畢,等你回過神來,你已經有了四隻小狼在身邊哇哇叫了。


這時「狼」生進入了新的里程啦,過去那個可以兩隻阿狼跳進河水中,隨著河水流啊流的浪漫故事,就消失了,也沒時間跑到山上去嚎叫了,生活就是不斷地覓食、不斷地尿尿、不斷地在家附近嚎叫。而親愛的老婆狼,待在家裡的時間只有一下下,連招呼都來不及打,她又跑掉了。


養了小狼之後,畫面左上方會出現黃色進度條和藍色進度條。黃色進度條代表領域的標示是否足夠,為了確保其他狼不會誤闖我的領地,所以我要不斷地在領地跆腿撒尿(P鍵),而藍色進度條則代表整個狼群的關係(affinity),愈滿代表小狼愈不會到處亂跑,會乖乖待在巢穴附近,要提升藍色進度條的方法就是嚎叫(H鍵)。除此之外,如果小狼離巢太遠,還要把小狼銜回巢附近(空白鍵抓起、空白鍵放下)。

小狼的毛色都是依據親狼的毛色來做的,我的四隻小狼,在我剛開始進入養小狼,什麼都還搞不清楚毛色的時候,小狼就死了兩隻,剩下的兩隻,一隻像我,是隻小黑狼,另外一隻像老婆,是隻小白狼。

episode 2的任務還包括要趕走偷跑進來的熊和郊狼,如果要把熊趕跑,就要咬牠三次,牠就不會再過來了,但如果是郊狼就必須把牠咬死才可以。本來我以為我可以和老婆狼還有兩隻黑白狼安穩地度過,沒想到進入到要擊退熊與郊狼的階段時,一不小心又被咬死了一隻小白狼,最後只剩下一匹小黑狼,這真是太悽慘了。

等到這個任務結束之後,接著就是要把小狼養大到15磅,然後就是要遷徙了到遠方去建立我們一群狼的領域地。不知道該說幸運還是不幸,因為只剩下一匹小狼,所以我直接叼起小狼,快步奔跑,找到河流淺灘走過去,再休息一陣子,就到了目的地,然後就完成了整個episode 2的任務了。如果四隻小狼都還在,那我就得慢慢帶著他們過河、還要保護他們,可能整個過程會花更久的時間呢!

網路上也有其他人寫過這個遊戲的介紹:WolfQuest--體驗自然荒野與狼的生活
根據他的文章,其實遊戲中還有夜襲牛欄的場景,不過因為我在巢穴的地方,衣食無缺,所以根本就沒有去偷牛吃。

關於黃石公園這些野生動物的介紹,可以另外參考Introduction to Large Mammals (大型哺乳動物簡介)

另外,黃石公園裡這群被重新引進的狼,牠們的故事,可以看看科學人2004年7月號「狼來了!」
頂端消費者的狼在生態系中角色實在太重要了,狼吃麋鹿,麋鹿吃白楊,當狼消失了,白楊就會大量被麋鹿啃食,然後河貍就沒東西吃,就不會建築水壩,沒有水壩就沒有池塘,就沒有多肉植物,當灰熊冬眠醒來之後,就沒有東西吃。所以把狼通通抓起來之後,最後的結果可能連灰熊也不見了。

最後來看幾段youtube上的影片,這些畫面可是這款遊戲裡真實可見的呦



底下這個是官網的介紹影片


這個介紹Slough Creek裡的故事,小狼真是太可愛了!


據說後來還會繼續episode 3,不知道內容會是什麼

2010年11月25日

阻止災害的模擬遊戲(stopdisastersgame)

這個阻止災害的遊戲來自聯合國減災戰略(International Strategy for Disaster Reduction)。這個組織將許多大學、組織統合在一起,為了減少因自然災害而造成的傷亡,而這個遊戲的誕生就是為了教導阻止災害。
遊戲中的災害包括野火、颶風、地震、洪水和海嘯,

這個遊戲有多國語言可選擇,雖然不願意,但是各位應該還是會選簡體中文吧!
http://www.stopdisastersgame.org/cn/home.html

先選擇場景和難度


進入遊戲之後就會簡介任務,像是要興建XX建築物、保護XX...


做得差不多之後,就可以開始啟動災害,看看最後能不能完成任務。像我玩野火那個任務,隨便亂做,雖然沒人死亡,不過水塔保護失敗,任務也就失敗了。


遊戲還蠻像那個經典遊戲-模擬城市,很多人玩模擬城市都喜歡蓋好一個城市,然後打開災害選單,讓外星人來破壞或是火災等等的。喜歡那個調調的,不妨來玩一下,看你是不是能夠保護好這個城市,也可以順便學到阻止災害的知識。

抗生素抵抗細菌的遊戲Bacteria Tower Defense


本遊戲的官網在此
Bacteria Tower Defense

這個遊戲的角色號稱使用真實的細菌、真實的抗生素,玩家要做的事情就是在細菌侵入人體的路徑上,用抗生素組成一個迷宮,阻止它們侵入人體。
每種抗生素的花費不同,能抵抗的細菌也不同(有些對抗革蘭氏陽性菌、有些是陰性菌),所以就必須將錢花在刀口上,選擇適合的抗生素來抵抗那些大小細菌們。

以下是遊戲的畫面



據說相當適合有醫藥背景的人來玩一玩,可以驗證一下自己的功力。


2010思源高中基礎教學研習會來囉

思源基金會的研習活動,大概就屬我紀錄最勤的吧?不過前兩年因為周六在唸書就通通都沒去了。

過去的紀錄在此:
2005高中基礎科學教學研習會
2006高中基礎科學教學研習會
2007高中基礎科學教學研習會
2009高中基礎科學教學研習會


今年舉行的時間是: 99年12月4日(六) 9:00-17:30
地點: 交通大學電子資訊研究大樓國際會議廳
活動及報名網站 http://www.seed.org.tw/ActPage/ActStaticPage.aspx?idflag=ACT02000010&type=other
(報名需請先加入網站會員,再輸入帳號密碼執行報名功能)

研習內容:
1.專題講座: 台大生醫及資訊研究所曾宇鳳老師演講”新藥的開發-從樹皮到計算機”

2.生物科分科研習:
主持人:竹東高中韓中梅老師,

生物分科議程安排兩位講師演講,並擬以新課綱內容之國高中課程銜接以及教學經驗分享作為後續討論之主軸。
主講人1:中山女中蔡任圃老師(網頁blog)
    大綱: 1. 新課綱的「應用生物學」—新穎的教材與教法
               「應用生物學」的課綱與理念,說明教師可能遇到的挑戰。
               「議題融入教學」教學分享。
             2. 當小強進入課堂—建立實驗動物作為科學教育的工具
                 分享指導專題研究與進行科學教育的策略與作為。
                 高中建立實驗室的優勢與限制。

主講人2:光華國中簡志祥老師
            講題:生物教師之網路社群與實體社群
            簡歷:新竹市光華國中生物教師,以阿簡為名經營《阿簡生物筆記》
            簡介:從BBS、噗浪到生物趴辣客,我們要談一群生物人如何讓「分享」從網路延伸到實體。


我跟蔡任圃是大學同學,他在指導學生專題研究向來是很出名的,他甚至還指導學生投稿到科學教育月刊,這點實在很了不起,所以來聽他講是一定要的啊!
我要講的主題,就通通都是以社群為主的分享,有網路的,也有實體的。
歡迎大家報名來聽呦。(其實我曾經想要把這個活動弄成生物趴辣客3@新竹,不過畢竟不是自己的場子,所以還是算了)

2010年11月24日

「內分泌王」紙牌需求調查

生物趴辣客2,富中介紹了一個他們團隊研發的「內分泌王」紙牌遊戲





這個遊戲讓人十分驚豔!沒想到內分泌可以這樣玩。

大家都在問哪裡可以買得到?他們展示的那份,因為印製得少,所以一份將近要500。如果全班有40個人,兩人一組,兩兩對戰,這樣就要10份牌,全班玩下來可是不少的金額啊。

不過現在有好消息了,內分泌王的製作團隊現在打算以撲克牌的型式來印製,希望以量制價。如果能募集到合購量達500份,那麼每份大約只要80元。
就我而言,如果要給全班玩,然後再預備一點備用,那麼我就會買10份,這樣約只要花800元。如果是家長買給小孩邊複習邊玩,只要買1份。

因為擔心印了那麼多,結果沒人一起買,所以我在這邊要幫內分泌王的團隊調查。請有購買意願的人,請在這個表單登記,讓我們統計一下,大概會有多少的需求量。等到印製出來之後,就可以讓大家購買玩樂了。

ps1.請不要在這邊留言要買,那是沒用的,請去表單登記
ps2.現在只是先調查數量,確定印製量,到時候內分泌王的團隊會在公佈怎麼購買
最新消息
趕快去 http://goods.ruten.com.tw/item/show?21101079379392#auc 搶購啦
 本活動已經結束,所以表單和賣場都已經結束了。


Harvard Medical School介紹的生物影像的免費軟體

昨天在找imagej的tracking的plugin時,意外連到這個pdf檔。覺得內容實在太豐富了,介紹了很多免費的軟體,都是可以用來做生物影像的處理。
這份文件來自Harvard Medical School的Nikon Imaging Center

資源這麼多,就先轉貼在這裡,等待以後有需要的時候慢慢試試看。
******************************************************************************************

List of Free Software for Microscopy
Compiled by Rainer Heintzmann (King’s College) for the AQLM course, 2009

Data acquisition

Micromanager
http://www.micro‐manager.org/

CamAcqJ (Grant Harris)
Acquisition & Instrument control. Supports QImaging and Luminara cameras and
variable retarders and stages.
http://www.mbl.edu/research/labs/adlc/CamAcqJ/

ScanImage (Vijay Iyer, Karel Swoboda)
Developed for 2photon microscopy and neurobiology/ patch clamping
http://research.janelia.org/wiki/display/ephus/ScanImage

Display and Segmentaton
BioimageXD
3D Visualisation and analysis (nice rendering)
University of Turku & University of Jyväskylä, Finland
Linux/Mac/Windows, VTK + Python based (latest update: 2008‐03‐28)
http://www.bioimagexd.net

VisBio (Curtis Rueden & Abraham Sorber),
3D Visualisation and analysis (nice rendering).
Interfaces with OME. (latest update: 9 Mar 2009),
http://www.loci.wisc.edu/visbio/

V3D (Hanchuan Peng)
Great tools for visualization and segmentation of large (!) datasets.
3D annotation, landmarking, data management,cell segmentation, neuron tracing,
deformable registration, and more (latest update 2009‐May‐5)
http://hanchuan.peng.googlepages.com


Image Processing

COSMOS = COSM Open Souce (Chrysanthe Preza)
… soon to come. Have a look at:, http://cirl.memphis.edu/cosmos

ImageJ: A public domain Java image processing program inspired by NIH Image
for the Macintosh. Windows, Mac OS, Mac OS X and Linux.
Plugins (http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/ ) support various microscopy related
issues. E.g. time‐stamping, resampling, tracking, … LOOK HERE FIRST
http://rsb.info.nih.gov/ij/


DeconvolutionLab (Guillaume Schmit, EPFL)
Toolbox for ImageJ with various deconvolution algorithms. Some of them are state
of the art wavelet based constraints. Only 2^n sized images!
Ask Daniel Sage (daniel.sage@epfl.ch), EPFL if interested in using.

3D_Deconvolution (Pierre Besson, Cédric Vonesch and François Aguet, EPFL)
3D deconvolution package with PSF generation. Only 2^n sized images.
http://bigwww.epfl.ch/demo/deconvolution3D/

Iterative Deconvolve 3D (Bob Dougherty, OptiNav, Inc.)
Memory intensitve.
http://www.optinav.com/imagej.html

DeconvolutionJ (Nick Linnenbrügger)
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/fftj.html

Voxx: A Volume Rendering Program for 3D Microscopy. Voxx is a voxel‐based (not
surface‐based) 3D rendering program which has been optimized for biological
microscopy. This software permits researchers to perform real‐time rendering of
large microscopy data sets using inexpensive personal computers. We developed it
to explore 3D datasets collected on confocal and multiphoton microscopy systems,
but it can also render other kinds of data (e.g. CT, MRI, etc.).
http://www.nephrology.iupui.edu/imaging/voxx/

NIH image (Mac only): NIH Image is a public domain image processing and
analysis program for the Macintosh.
http://rsb.info.nih.gov/nih‐image/

Cell Profiler (Ann Carpenter, MIT)
Versatile 2D processing platform for high throughput screening applications.
http://www.cellprofiler.org/

IrfanView + IrfanView plugins: Batch conversion (with image processing),
multipage TIF editing, TIFF, AVI, MPEG, DICOM, … (look under “view – Multipage
images”, Extract images from a movie, …
http://www.irfanview.com/

VisBio: VisBio is a biological (3D) visualization tool designed for easy
visualization and analysis of multidimensional image data.
http://www.loci.wisc.edu/visbio/

IVE & Priism (Sedat lab, UCSF)
http://www.msg.ucsf.edu/IVE/index.html


Tracking

Cell Tracker (Hailin Shen, Univ. of Manchester)
Advanced and useful tool for 2D tracking of cells and features. Uses Snakes. Based
on Matlab. (last update 8 June, 2006)
http://dbkgroup.org/celltracker/

u­track (Jaquaman, Danuser)
For experts – powerful linking algorithm in Matlab,
3D is possible. Many Matlab toolboxes are needed.
http://lccb.scripps.edu/content/download.html

Tracking and Ballon Segmentation, 2D (L. Dupuy)
They also can do tracking but do not show it on the website. Worth asking.
Segmentation pluging can be downloaded:
http://www.archiroot.org.uk

3D Tracking
Website was down. But should be good. Windows only. Zebrafish embryogenesis?
http://www.cbi‐platform.net/

View5D: Java Applet, ImageJ plugin, Matlab plugin
The program View5D interactively displays of up to 5 dimensional volumetric
datasets.
Three orthogonal slicing views, 2D and 3D histograms of intensity (scattergrams),
Basic image processing operations (ratioing, ..), Interactive counting and tagging of
entities, Tracking of 3D movements, Multiplicative display of lifetime or ratio
images.
http://www.nanoimaging.de/View5D/

VTK: For programmers only. The Visualization ToolKit (VTK) is an open source,
freely available software system for 3D computer graphics, image processing,
and visualization. More for expert users, who know how to program. Very
powerful and big community!
http://www.vtk.org/

BIRN: Selection of various useful tools for image processing and analysis. Mouse
Brain Atlas, 3D Slicer, LONI Pipeline, Functional MRI, …
http://www.nbirn.net/Resources/Downloads/

OME: Open Microscopy Environment
Data management for biological light microscopy. Image‐based analysis of cellular
dynamics. Image‐based screens of cellular localization or phenotypes.
OME is a database engine which allows a lab to store all microscopy images along
with metadata; keeping track of projects. Some image processing features available.
http://www.openmicroscopy.org/


DIPimage / DIPlib: (Matlab is needed as a platform)
This Matlab toolbox contains a large amount of very useful (often N‐dimensional)
image processing algorithms. DIPimage features its own datatype (dip_image) and
a convenient browser to quickly investigate the results.
Microscopy‐oriented Features are: Automatic Thresholding algorithms, Cross‐
correlation‐based shift determination, Segmentation algorithms (e.g. watershed
transform), Noise‐filtering (e.g. anisotropic diffusion with local structure tensors),
Convolution, Measurements of labeled entities (e.g. Major axis direction) …
http://www.ph.tn.tudelft.nl/DIPlib/

CudaMat (Rainer Heintzmann)
Using NVidia’s GPUs for fast data crunching in Matlab.
Idea: Make it simple: myImage=cuda(myImage);
Only a subset supported at the moment. Datatypes: single and scomplex
Contact me (heintzmann@gmail.com)

minFunc (Mark Schmidt)
Matlab function for general minimization. Lots of methods implemented.
http://www.cs.ubc.ca/schmidtm/Software/minFunc.html

BioNumbers網站-和生物有關的數字資料庫

http://bionumbers.hms.harvard.edu/
這個網站是幾位教授(Ron Milo, Paul Jorgensen and Mike Springer )在看到書上在比較細菌、酵母菌和哺乳類時,產生靈感而建立起的網站。
內容包含了非常多種和生物有關係的數據。




目前,和人類Homo sapiens有關的數據就有745筆,包括像紅血球的壽命120天,或是皮膚的平均面積1.6-1.8平方公尺等。雖然在其他網站上也可以找到這些數據,不過這個網站最棒的是,還把每個數據的資料來源列出來。

像是紅血球的壽命這個資料,它就列出資料來源是 Vander, A., J. Sherman, et al. (2001). Human physiology: the mechanisms of body function. Boston, McGraw-Hill higher education.  這在一般的網站上可是看不見的。

這個網站上在youtube上也有個3分半的介紹影片


2010年11月23日

落巢斑文鳥之可能死因(From 雪茹)

今天收到來自雪茹的一封信。我想明年春天的時候,應該很多人也可能遇到相同的狀況,所以就貼在這邊給各位參考參考。


簡老師您好

終於找到您斑文鳥育雛紀錄了
嘰嘰奶爸週記1
嘰嘰奶爸週記2
嘰嘰奶爸週記3-完結篇

首先感謝您想盡辦法的養育他們
由於落巢或棄巢的鳥
原則上在照養上就較有難度了
所以您別難過
看到您如此細心的照顧.分析及記錄
可見得您是很好的鳥爸爸

您的斑文鳥未能長大之原因
拙見如下
斑文鳥.麻雀是以小米餵食即可
但雛鳥階段一定還是得將小米磨碎利於消化吸收
4小時餵食一次
次數過少
但因為磨碎故也無法多次餵食
下一次僅需磨碎即可
您就會發現素囊滯食的狀況改善
且須1-2小時餵食一次
軟腳並非沒有餵蟲之故
*** 食蟲性 過多的蟲也會造成鈣磷失衡---如白頭翁要輔以木瓜和水果 麵包蟲也要剛蛻皮者最佳 且要將麵包蟲泡水 否則有時麵包蟲會將素囊咬破
而是食物量不足
非食蟲性的鳥若以蟲餵食
僅能短暫維持生命
最後還是會撒手而歸
切勿用蟲餵食

至於白頭翁 綠繡眼 只要至鳥店買桃紅色包裝的合美健即可
但雛鳥仍要1-2小時餵一次
能量才足夠

至於成功長大後的野放
也要評估才可唷
先在家讓他琢磨飛行技巧
開始從野外帶牠的食物回來吃讓他習慣
等到你很難抓到他時
帶他到適合他的生態環境***一定要有他的食物
看他適應狀況
不要第一次就放走
如此在野外死掉的機率很高
多次且讓他認識同樣的族群及環境
直至對方接納再放走


剛剛用斑文鳥育雛相關內容查詢
才發現有些人撿到之後
在網路上徵詢餵養方式
善心人士告知
如用燈泡保溫--危險作法 餵麵包蟲 甚至小米加蛋黃 或是五穀米磨碎 之錯誤作法
結果5隻無一隻存活
真令人惋惜

由於少上網 且不善使用網路 回話還要有一定的積分
真的幫不上忙
希望阿簡老師
未來除了可幫忙照顧雛幼鳥外
尚能幫助些求助之民眾

祝福 善緣 好運


科博館 雪茹



生物趴辣客2分享心得-----雪茹

生物趴辣分享心得-----雪茹

由於司機我當時停車去了,所以沒有眼福看到前幾位老師的演示!不過感謝老師們的精湛心得報告.加上美芳出神入化轉述.ORANGE細心的卡片型筆記,及各位的心得分享,我終於如臨現場般的體會.不過希望下一次還是有機會不要錯過任何老師精采的3D現場演示!意思就是….我住台中,是否有人缺司機,請幫我搶秒,即可服務到家唷!

先欣賞一下食神們..阿簡老師強力粉絲團…..好想把自己的相片合成上去喔!好有feel!

E:\20101030\阿簡老師粉絲團\P1010153.JPG


再來一張吧!這個好愛演唷!你看出是誰了嗎?其實應該來個十連拍的,因為每個人的感覺都很


E:\20101030\阿簡老師粉絲團\P1010154.JPG


經不住要給大家好好的拍拍手放煙火,食神們無一不精挑細選生物食材,充分發揮創意靈感藝術與人文,經心的料理著每一道獨一無二的好菜!重回學生時代享受著生物鮮師精緻課程!

分享的真慢唷!其實早早我已經上網看各位的心得,但通常使用電腦時已經是午夜了],少上網的我,迷戀在阿簡老師和各位老師們的部落格上,直到網卡被拔除才驚覺還是沒完成自己的心得,終於能體會孩子一網情深的心情了!不過許多老師的分享我已經在課堂上或解說教育上運用了,皆有不錯的回饋唷!感謝阿簡老師及主辦單位及老師們的用心與熱情無私分享!

1.黑金剛老師 “何處是我家”--生物與環境的配對,當時去停車沒聽到,還好黑金剛老師用心的再予以補充說明,讓我對整個構思與活動進行有更深的了解,此活動可用再小六的自然課,加以變化也可穿插在我的生態宣導,實在非常感激!讓孩子有耳目一新的感覺,透過活定可使生態系之觀念更完整及有趣。

2. MaRko老師: 刺絲胞模型看似簡單的教具卻令人有意想不到的呈現,科博館生命科學廳有一個大水母,館裡的解說員若能自製一個如此的教具,解說時一定會造成學生極大的迴響和轟動!

3.orange師的渦蟲再生模型,可愛又神奇,如此一來,孩子百看不厭,對斷裂生殖一定有很深刻的印象!其他斷裂生殖的生物也可以如此運用唷!不過想到蚯蚓還是渦蟲可愛!還有要感謝orange老師,他真的是為平易又熱心的老師,由於幸運的我加入了如此秒搶的活動,但對於各種狀況真的還是霧煞煞,還好orange老師還是不厭其煩的回答我的各種問題,還介紹他幾位好同學讓我認識,真的足甘心ㄟ!台師大真的是德智兼備的優良學府啊!

4. 于堯老師的呼吸運動模型:沒想到不用花大錢買國外的人體教具就可將呼吸作用演示的

詳細貼切且具體,雖我沒有趕上于堯老師的課,但事後他在教具展示區,為我再度做了

詳盡的解說,真的太感謝他了,孩子一定超開心的,有餅乾吃,教具垂手可得,真開心!


E:\20101030\生物趴辣2\台師大可愛的小菜們\P1010148.JPG

這些老師是當天特別照顧我的老師們。最高的是orange.依順時針方向,依序為猴子、小紅帽、昱君、于堯,他們是阿簡老師的學弟妹,也是阿簡老師的超級粉絲!

5彰化一哥老師的環狀剝皮多年生雙子葉植物莖部吸管模型,是非常實用的教具,還可以實地的剝下來,若用於大雪山神木或溪頭赤腹松鼠環狀剝皮解說時,遊客和學生團體的概念一定更清楚!是很好的教育解說教材!一哥,感謝你的加持,斑文鳥的飛行技巧又更好了唷!

6. 林老大老師維管束教具,環保又有質感的教具,又可動手玩玩看,尤其是那一串珍珠項鍊被拉出 時的體驗真是太神奇了!小學生一定更喜歡!在森林解說上也可以用來解釋陰離子,遊客看到那顆顆的珍珠,更能聯想陰離子的珍貴,鐵定多吸幾口,人人愛森林!

E:\20101030\生物趴辣2\P1160935.JPG

7. 蘭老師(人體)模型教學樂趣多的拼貼,在孩子好逼真、可怕故意驚叫聲連連中,有趣的又刺激的讓孩子能對人體的器官位置有更深的印象,芹菜的部分則是未曾想過之問題,真是太強了!

8富中老師:內分泌王紙牌遊戲卡設計還真像遊戲王卡,透過玩牌的方式來學習內分泌真有趣約!掌握住孩子的心理時尚與最愛,在課程中令孩子驚艷,在自然的遊戲中,內化了必須之知能,真是煞費心思,厲害唷! 重點是如何購買內分泌王紙牌遊戲卡?有量產嗎?


9pureman老師: 上電腦課也沒有如此精彩耶!對大部分電腦無法如此專業的老師, 只能讚嘆再讚嘆罷了!不過從此看到另一個商機耶!沒有不喜歡學習的孩子,只要找到適合孩子學習的方法,我想教育是可努力的,不要放棄任何一個孩子,就不會 有破窗效應,有那麼多喪生自信的國中生了!拯救中輟生軟體大計畫,或許可嘗試看看!


10雪茹動物避敵大絕招:其實我的整套看板及連連看是野鳥協會承接了大自然嬉遊記生態闖關時,NISSAN公 司出資做的,因為阿簡老師的鳥最後沒有順利野放,如此的大新聞,全國如火如荼地關心著,故自然學友之家的宜樺和美芳建議我倒不如講如何援救落巢鳥,看到各 位如此菁英且用心準備充分的老師們,倒真的還滿緊張的,事後又得到許多鼓勵的獎卡,真是感謝!不愧是老師們,隨時鼓舞讚歎學習者!

其實校園常會有撿到落巢鳥或受傷候鳥的情 形,其實只要知道照顧的要領及勤勞餵食,多半可順利野放!但野放也必須有一定的流程,如平常就訓練她的飛行技巧、從野外帶她吃的食物回來餵食,帶去他們友 伴常出現的生態環境並認識同類,之後找到友善的團體再野放!如此才不會前功盡棄,ORANGE回饋卡上有提到有些鳥會不收,其實下一回若有撿到落巢的鳥可立即與我聯繫0921-339910,因為鳥種的不同、落巢情況不同,餵食物和照顧的方式就有差異,故可在第一時間內,讓鳥能獲得最適當的救援,而且校園需要救援的鳥非常多,若能由各位老師們來做如此的救援工作,一定可以幫助許多鳥類,且當孩子見到這些楚楚動人的雛幼鳥,你說他的心會

因此而被感動及柔軟嗎?藉此就可以潛移默化中給孩子一個很好生命教育的機會!我有一位ADHD的孩子,因為藉由斑文鳥的引導,如今已經不咬衣服且能較過去

專注的學習和寫功課了呢!動物的力量是否很神奇呢

E:\shane991102\shane991101餵食斑文鳥\P1010235.JPGE:\shane991102\shane991101餵食斑文鳥\P1010280.JPG

 E:\shane991102\shane991101餵食斑文鳥\P1010251.JPGE:\shane991102\shane991101餵食斑文鳥\P1010288.JPG

11培昀老師生物分類之心臟病遊戲感謝培昀老師後來再作的補充說明,若下課反覆操作,對生物

的分類一定有更深入的認識,非常棒的分享!

12夢慈老師:沒想到歌曲中倒有如此多的教學相關靈感,音癡的我有空應多聽聽歌曲,看看歌詞,如

此更能和新世代結合,融入教學中!

13.14 Reca老師的性狀賓果怡蓉老師的胞器大風吹有異曲同工之妙可藉由賓果遊戲和大風吹可讓

孩子再難的辨識也能愉快輕鬆的達成老師的用心嘉惠了許多端不起書本的孩子呀

15昱君老師藉由科普書的引導孩子思考由較大的空間也較

設限在制式的思維中是很不錯的引

導呢

16sir:藉由平日蒐集的物種及旅遊的新知分享給孩子,好奇喜歡探索孩子一定樂不可支,更可提起

其他孩子們的注意力,每周都有新鮮的分享,無形中拉近了孩子和老師間的距離!袋熊的便便真可

愛耶!我擔任森林志工時,也攜帶著山羌、黃鼠狼的便便;貓頭鷹、翠鳥的食繭和遊客或學生團體 分

享,果真!當他們看到便便時只會驚叫聲連連,果真不再將噁心掛在嘴上!

17.汝紋老師:生物分類小活動, 設計如此的圖卡應該花費不少心思吧!不過看到孩子樂於學習,快樂

成長,應該是最值得的回饋吧!

18 bingo老師腦與身體的協調性活動真有趣回來使用時發現連16字箴言就有許多人記不得而趣

味橫生了 ,而在帶團前或解說時穿插讓大家動動!再加上個挑站分組秀,果真有相當不錯的效果

耶!

19莉亞老師:2p 遊戲生物題庫真是給國三的孩子帶還了幸福與春天,且給電腦遊戲一個正當理由,學

生絕對會樂壞了!

20Yukie老師:一向大家問起你,無不報以崇拜的眼光,等級似乎神化了!超強的電腦能力又結合教學,

誰能不佩服呢?生物有何重要性?啟發人類的真性與探索生命的真諦,考試制度上似乎不是最重要

的,但影響孩子卻是一輩子的!在何時發酵、發芽不知,但一定深植在潛意識中,伴隨一生。

21啟志老師:原來超強吸水拖把的機制來自小腸絨毛耶! 或許再運用你的聯想力,或許有更多實用的

發明呢!闊葉與針葉的蒸散原理,是很棒的實驗唷!


22P老師:將一般課程改為探究課程,如此的思維會給真的探索和追求學習的孩子,會有另一種不同的思維和觀察探究方向,是個很好的分享,孩子都單向思考制約慣了,如此在國中階段是很好的另種教學模式!而非學習只是應付考試罷了!

23魚丸老師:小醫生疊疊樂遊戲,可統整各章節之疾病與病因,短短的2分鐘分享,又無實地操作,有時真無法具體了解,透過小魚老師影像及文字說明,讓我可更明瞭,不錯的遊戲:為了有完整的學習,堆疊時一定要有所技巧才行唷!

E:\20101030\生物趴辣2\P1160932.JPGE:\20101030\生物趴辣2\P1160934.JPG

24月鈴老師:資深老師永遠活耀受孩子歡迎,一定有其特質;淘氣又富創意,哪有不辣的薑呢 見到您我見到教育的希望,老師並不因資深而停滯,反而以身教帶動新進老師的熱情與學習,杏仁的燭心,蘋果柱的蠟燭,可食的蠟燭,除了驚險外,在刺激錯愕與歡笑聲中,分享了神奇的蠟燭,卻不經意的傳達了生物與科學的概念。

25季瑾老師:氣質美女老師,講了驚奇的故事,孩子一定為之瘋狂吧!好大的轉折,真希望把一些

必考的記憶題都編成故事,如此既可滿足孩子愛聽故事的心理,又可達到考試理想成績之目的,他們一定爆喜歡聽你的課吧!

26彥文老師:為生存而戰,光碟遊戲,投學生所好,又可達到學習效果,孩子應該都很期待吧!

27dona528老師:訓練操作顯微鏡的訓練遊戲,可運用在自然學友之家的複式顯微鏡上操作唷!偶爾讓練習操作者,藉由此法熟悉顯微鏡的操作,下回觀察較活潑的生物時,就抓得住他們了唷!

28文華老師:蝴蝶飛行的奧秘,驚嘆聲連連,超乎奇技的擺動著紙片和切割的保麗龍,可以請氣流乖

乖地配合,蝴蝶栩栩如生,還可上下轉彎,材料省又簡便,只不過當自己和幾位老師試了後,發現

小道具易學,但操控能力卻難之又難,雖然出神入化的文華老師,願意下完課後私下再教導及秀一

下,並讓我們實際操作試飛,但仍無人達成,終於感受到知易行難的實例了!不過一切就是如此的

神奇,令人肅然起敬!

E:\20101030\生物趴辣2\P1160938.JPG

29美芳老師:設計帶孩子的們看脊椎動物的骨架:自然學友之家的美芳,一直扮演著團隊的靈魂人物,

時常給大家明確的工作目標、空間和靈感,積極樂觀進取的教育使命,而整個團隊就像一家人,來

上課的孩子都可感受到熱力與用心,做學問不再是單向、抽象、沒有咀嚼與思考,是培育自主性學

習的搖籃:自然學友之家一直是博物館的縮小版與榮耀,也是館內研究人員或長官向外賓介紹科博館時必參觀之點,自然學友之家常有各領域精彩演講,也希望各位老常來唷!阿簡老師一直都是常客,令我們非常感動唷!

E:\20101030\生物趴辣2\骨中玄機的人體和主菜.JPG

當時可愛的人體若能搭配骨中玄機的活動,一定會使精彩的課程更加轟動!

梅子老師的教具設計: 過去即在報紙上見過大篇幅的介紹梅子老師,當時直覺的佩服梅子老師的教學熱情,因為要做這些教具,尤其毛線一打起來,這可是 要花費多少時間呀!今日才知與阿簡老師的密切關係,日以繼夜努力精進正能量循環,功力倍增,孕育出生物界的二大奇葩;阿梅老師特質明顯,創意教具對學生來 說無疑就是大、驚奇與吸睛,除了可以展示說明,還可穿戴演示,多奇特的課程呀!平日的瓶瓶罐罐收集、一個一個千變萬化的百寶箱,就是最好的紀錄與教材,與 孩子生活學習記憶共鳴,滿足孩子們的好奇,一定羨煞許多其他班的同學!(由於坐在最後面,相機效果又不夠好,影像雖大卻都模糊了真可惜!)

阿簡老師的玩身體:多麼實用的課程呀!道具就是自己,隨時隨地即可示範演示,來賓的配合演示更能達到與團體打成一片和樂融融的效果,是不錯的課程或帶團開場;正如ORANGE老師所說的把妹絕招,上回我們省鳥會在大甲帶科技公司生態觀察,18台的遊覽車,以闖關形式進行,由於多為年輕人故以ORANGE老師所說的把妹絕招大公開,作為回饋,個個認真聚精會神,再加上bingo老師的16字箴言真是皆大歡喜。阿簡老師您真的很棒耶!個人的攝受力與魅力,串聯了全台的菁英與富有使命認真的生物老師,激勵了許許多多的老師家長與教育工作者,嘉惠所有的學子,如此的能量與影響力是非常不可思議的!網路的無遠弗屆,使得全世界知道台灣這群認真富創意與具有教育使命的老師!

E:\20101030\生物趴辣2\P1160950.JPG






玩反應時間的好玩具-接不到的半邊球

玩反應時間有很多種方式,有網路小遊戲,也可以玩絕對抓不到的仟元鈔票,或是直接做一隻有反應時間的尺

前幾天去品美尋寶的時候,看到這個童年的玩具,本來不知道可以拿來玩什麼,不過後來自己玩了一下,就發現它的絕妙用途了。
彈跳半邊球

影片


這可以拿來玩反應時間啊!在介紹反應時間之前,可以先讓同學自己翻好一個半邊球,然後自己的手就在球旁等著,要在球彈起的瞬間抓住它,不可以在落下的路徑呦,一定要在球往上的路徑上。

如果位置正確,那保證抓不到,因為我們眼-手的反應時間大約也要0.2秒,可是在0.2秒之內球早就跳高高了。

這個玩具更殘酷一點可以叫學生臉要移到球的正上方,如果沒抓到球,就會被巴到臉(為了安全,可能戴個護目鏡來玩比較好吧),這樣超有喜感的!

夢慈的生物歌曲卡拉帶-"小獵犬號之旅行的意義" 及 "演化版之一千年以後"

分享就有力量!

最近越來越有這樣的感覺了,前幾天夢阿慈女士寫了封信給我


親愛的阿簡:

因為這週普生上演化,想說讓學生課堂上唱唱KTV,
然後我又在網路上找到可以編輯KTV動態文字的軟體,
就試了一下,讓學生在課堂上拿麥克風看大螢幕唱歌超有FU,效(笑)果十足,
因為我沒有在經營部落格,所以想說把我編輯好的兩首歌連結給你,
看能不能分享給需要的人可以下載來用。
記得檔案下載後,撥放軟體要切換到左聲道就可以濾掉人聲囉~

嘿!親愛的各位,這兩首歌就是來自珮娟做的「小獵犬號之旅行的意義」史內克最新力作-一千年以後(演化版)

用力唱吧!






2010年11月22日

2010/11/20大社國中教學分享

幾個禮拜前在噗浪上,高雄縣輔導團的美菊老師邀我到高雄分享,講題隨我訂,思索幾天之後,決定還是講我喜歡的教學分享,包含我怎麼上正課和實驗課。
分享的時間是周六,是個蠻特別的時間,我遇過的研習邀約通常都是在週間的領域時間,這倒是第一次遇到輔導團的研習是辦在週末。不過也就是因為週末我才會答應,雖然可想而知週末會到的老師畢竟不多,但會到的老師一定是認真有心的,這對講者來講是很重要的。

美菊老師告訴我,早上是"發現學習"事件簿......一個理化老師的murmur的惠玲老師的分享-許一個風和日麗的校園之夢。雖然我是下午的場次,但是知道惠玲老師上午會到,我還是一大早就從新竹出發,還好有高鐵,從新竹到高雄僅僅需要一個半小時,剛好準時到會場。

惠玲老師的分享大綱,意外可以在科學狂人的科學遊戲部落格裡發現,就在

聽分享回來第3天了,我一直在想可以再跟惠玲老師多學些什麼。我想是情意教學的部份吧,因為這個地方我還不太能掌握。惠玲老師做的包括像做書摘、網路作業、廣識搜集。這些都是我看了很想學著跟著做的,不過沒有開始,都也只是空談。

下午我的分享著重於我怎麼教生物,一開始講的是教維管束這個部份,我用了哪些題材(當然包括最有名的猴子臉),然後再拉回到第一章到現在各個實驗和課程的教具和設計,最後再來做個單式顯微鏡。其實我四處分享講的內容,通通都是在blog裡可以看得見。所以我的忠實觀眾在聽我講的時候,一定不會陌生。不過我猜也會有人會抱怨「怎麼都是blog上的東西」,哎啊,沒辦法啊,我知道的東西,一定都會忍不住就post上blog啦。

下午演講的時候,彥文、orangeV、莉亞通通都來了,在結束前,隆欽也來了,然後我們一群人通通跑去品美買玩具,差點把今天的講師費都花掉。

回來之後,仔細一想,隆欽、我和惠玲老師,三個人加在一起就變得蠻有趣的,因為我們三個分別是全球華文部落格大獎三屆得獎主。(隆欽的用教育捍衛地球2005年第1屆的,我是2006年第2屆,惠玲是2009年第5屆)。突然有點想再辦個聚會,叫作科學部落格見面會,把所有有寫部落格的科學教師通通湊在一起。不過湊在一起要幹嗎?難道又要開趴辣客了嗎?

2010年11月18日

巨大的維管束教具

其實我之前做那個維管束紙模型,目的就是為了要做這篇的大維管束教具,當時只是想先做個雛型看看,沒想到就順便畫完了。(所以我說那天正事都沒做咩)



秉持著梅子說的「大很好用」,所以我就打算做了一個大型的教具,不過愈大越難收,所以我做的這個是可以拆卸的,黏貼處都是用魔鬼沾,所以可以方便攜帶。


做這個其實沒什麼了不起,純粹是苦工而已。維管束的部份是先用膠帶纏好的吸管束,然後用剪刀剪成一小段一小段,再用泡棉膠粘貼在裁切好的西卡紙模型上。而其他的薄壁細胞就是純手工一直畫一直畫。



雙子葉草本的,還特別加了一圈形成層。下面那個葉子,和長長的管子是為了講葉子裡維管束的位置分佈。



就是像這樣,葉子像是個套子一樣,可以拔下來留下吸管模擬的葉脈。


我覺得12-13歲的國中學生對這種空間概念還沒有辦法掌握的很完全,以前我覺得葉內維管束的分佈,其實是想就知道的事。不過教了幾年之後,發現還是要給他們看到模擬的樣子,他們才比較能想像。

學生看到這教具,居然誇讚我很用心,真是好奇怪的感覺呦。另外也有同學說,補習班老師教這個部份教好久,他都聽不懂,不過看到這個模型,他就懂了(嗚嗚,我花了幾個晚上做的東西,沒有白費啊)

雙子葉木本,如果想加上可以剝皮的效果,不知道怎樣做比較好哩?

你可能對這有興趣

Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...